EC Ma Ndryshe është organizatë me anëtarësi. Anëtarësimi në organizatë është i hapur për çdo person pa marrë parasysh racën, gjininë, orientimin seksual, shtetësinë, kombësinë, religjionin, moshën ose aftësitë fizike. Anëtarët e EC Ma Ndryshe i marrin vendimet në takimet e Kuvendit të Anëtarëve (së paku një herë në vit). Kuvendi i Anëtarëve është organi më i lartë qeverisës i organizatës dhe ka përgjegjësinë më të lartë për politikën dhe çështjet financiare të organizatës. Kuvendi i Anëtarëve sipas statutit, ka edhe këto kompetenca: të zgjedhë dhe shkarkojë Bordin Udhëheqës të organizatës, të aprovojë raportet financiare dhe të punës, të interpretojë dhe ndryshojë Statutin dhe të kontrollojë mbarëvajtjen e punës dhe atë financiare sa herë që e sheh të nevojshme. Kuvendi i Anëtarëve takohet së paku një herë në vit në takimin vjetor ku vlerëson dhe aprovon raportet, planet, mjetet, obligimet, shpenzimet e të hyrave dhe programet për vitin respektiv dhe të ardhshëm.

Anëtarët aktual të organizatës janë: 

Ajete Kërqeli

Ajtene Krasniqi

Aliriza Arënliu

Antigona Shestan

Artnet Haskuka

Besar Haxhibeqiri

Besart Lumi

Dren Marseli

Enesa Xheladini

Enver Batiu

Ernesta Jadrashi Qata

Fahri Musliu

Flaka Siqeca  (Kryesuese e Kuvendit të Anëtarëve për vitin 2024)

Nadire Thaçi Kryeziu

Refet Bushati

Taulant Gutaj

Venera Goxha